Pravilnikom o unutrašnjoj organizaciji  Ministarstva poljoprivrede, šumarstva i vodoprivrede, za obavljanje poslova osnovne djelatnosti iz nadležnosti Ministarstva, obrazovane su sljedeće osnovne organizacione jedinice:

Odjeljenje poljoprivrede i veterinarstva, u čijem su sastavu sljedeće unutrašnje organizacione jedinice:

Odsjek poljoprivrede i prehrambene industrije,

Odsjek veterinarstva i slatkovodnog ribarstva.

Odjeljenje vodoprivrede, šumarstva, lovstva i drvne industrije, u čijem su sastavu sljedeće unutrašnje organizacione jedinice:

Odsjek vodoprivrede

Odsjek šumarstva, lovstva i drvne industrije.

Odjeljenje ekonomsko – finansijskih, pravnih i općih poslova, u čijem su sastavu sljedeće unutrašnje organizacione jedinice:

Odsjek ekonomsko - finansijskih poslova,

Odsjek pravnih i općih poslova.

Uprava u sastavu Ministarstva je Kantonalna uprava za šumarstvo.

Upravna organizacija u sastavu Ministarstva je Poljoprivredni zavod.