Pravilnikom o unutrašnjoj organizaciji  Ministarstva poljoprivrede, šumarstva i vodoprivrede, za obavljanje poslova osnovne djelatnosti iz nadležnosti Ministarstva, obrazovane su sljedeće osnovne organizacione jedinice:

Odjeljenje poljoprivrede i veterinarstva,  u čijem su sastavu sljedeće unutrašnje organizacione jedinice:

Odsjek poljoprivrede i prehrambene industrije,

Odsjek veterinarstva i slatkovodnog ribarstva.

Odjeljenje vodoprivrede, šumarstva, ekonomsko - finansijskih i općih poslova, u čijem sastavu  su sljedeće unutrašnje organizacione jedinice:

Odsjek vodoprivrede, šumarstva, lovstva i drvne industrije,

Odsjek ekonomsko - finansijskih i općih poslova.

Kantonalna uprava za šumarstvo je uprava u sastavu Ministarstva.

Upravna organizacija u sastavu Ministarstva je Poljoprivredni zavod.